История библиотеки НАО «Казахский национальный медицинский университет им. С.Д. Асфендиярова» начинается с открытия медицинского института, в 1930 году, с первоначальным фондом около 6000 тыс. экземпляров.
Миссия библиотеки направлена на обеспечение поддержки образовательного процесса и научных исследований в учебном заведении путем создания необходимых условий для оперативного доступа к ресурсам библиотеки и мировым информационным ресурсам.
На основании Приказа № 354 л от 30.01.2014 г. ректора КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова библиотеке в 2014 был году присвоен статус Научная библиотека.
Фонд библиотеки насчитывает более 1 436 504 экз. / 223 879 наименований учебной, научной литературы: это книги, диссертации, авторефераты, периодические издания на государственном, русском и иностранных языках.
В том числе фонд электронных учебников составляет 14 735 экз. Из них: электронных книг – 9015 экз., электронных книг в формате PDF – 5720 наименований.
Проводится мониторинг для организации ежегодной подписки на периодические издания и электронные ресурсы.
Фонд Научной библиотеки обновляется согласно заявкам на закуп литературы, поступающих от кафедр вуза.

Редкий фонд Научной библиотеки составляет 3 851 экз. литературы по медицине, датированная XVIII-XIX вв., в т.ч. в фонде имеются энциклопедии Брокгауза и Ефрона.

В Научной библиотеке имеется: компьютеров в количестве 120 шт., 40 ноутбук, 2 видеопроектора, 3 экрана для проведения различных мероприятий, множительная и копировальная техника — 12 шт, сканер-полуавтомат.

В целях расширения спектра помощи пользователям библиотеки НАО «КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова» функционируют ночной абонемент библиотеки и читальный зал с 17:30 ч. до 21:30 ч. при общежитии № 8.
Научная библиотека уделяет большое внимание по предоставлению информационно-библиографических услуг: проводятся «Дни информации», «Дни кафедр», выставки-просмотры, составление рекомендательных и научно-вспомогательных списков литературы, выполнение тематических письменных и устных справок. По мере поступлений новой литературы выпускаются бюллетени информации, также информация в виде виртуальной выставки новых поступлений размещается на сайте КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова.
Научная библиотека принимает активное участие во всех мероприятиях вуза: читательских конференциях, диспутах, встречах с интересными людьми. По всем этим направлениям оформляются книжные выставки, стенды, тематические библиографические обзоры.
Научная библиотека внедрила работу Предметного библиотекаря. Предметный библиотекарь выполняет функцию посредника между Школами/факультетами и библиотекой; закрепленный библиотекарь, дает консультации ППС и студентам; применяет возможности рекламных и социальных медиа сетей (сайт вуза, библиотеки, mail.ru, Facebook).
В библиотеке используется автоматизированная библиотечная система «КАБИС», разработанная специально для библиотечных процессов, включающая автоматизацию библиотечных процессов и обеспечение удаленного доступа к фонду электронного каталога через Интернет. Электронный каталог библиотеки доступен для всех категорий пользователей КазНМУ http://lib.kaznmu.kz.
Внедрено автоматизированное обслуживание «возврат-выдача» документов на всех пунктах выдачи на основе программы Сириус. Учебной литературе всех Школ присвоены штрих-коды.
Введена услуга «УДК-онлайн», т.е. читатель имеет возможность через свой личный кабинет отправить статью для присвоения номеров УДК, ББК, или МРНТИ, не посещая библиотеку.
В Сириусе в Модуле «Библиотека» размещены: электронный каталог библиотеки, посредством которого, пользователи имеют возможность найти необходимую литературу, а также ознакомиться с ней в полнотекстовом формате. Доступы ко всем сервисам библиотеки программы Сириус осуществляются через личные кабинеты обучающихся.

Ссылки к следующим базам данных размещены в программе Сириус:

Ежемесячно для всех Школ/факультетов вуза проводятся обучающие онлайн и офлайн семинары по «Электронным ресурсам Научной библиотеки КазНМУ».

Научная библиотека имеет договора-соглашения по взаимному сотрудничеству с библиотеками и организациями Казахстана (пролонгация договоров ежегодно):
1. Договор о сотрудничестве от 25 мая 2018 г. с Научной библиотекой Казахского Национального педагогического университета им Абая.
2. Меморандум о сотрудничестве № 891/08.20 от 17 августа 2020 г. с Высшим Медицинским Колледжем УЗ г. Алматы.
3. Меморандум о сотрудничестве от 2 августа 2017 г. с Военным институтом Сухопутных войск МО РК.

Библиотека КазНМУ находится по адресу: ул. Богенбай батыра, 153 и располагается на 4-х этажах учебного корпуса № 2.