Алматыда медицина институтын ашу жайлы шешім РКФСР ХКК 1930 жылы 10 маусым күнгі «РКФСР қарамағындағы жоғары оқу орындарына 1930-1931 оқу жылына арналған қабылдау желісі, құрылымы мен контингенті» атты Қаулысымен қабылданды. Бұл қаулының қосымшасында «…Алматы. Медицина институты. Емдеу ісі. Қабылдау: 1930/1931 қыс – 100 адам» деген аса маңызды жазу жолдары болды.
Бұл қаулы Қазақстанда медициналық институт ашу туралы алғашқы құжат болды.
Қазақ КСР Денсаулық сақтау халық комиссариатының 30 қараша 1930 жылғы №260 бұйрығымен медициналық институттың директоры болып 1912 жылы Петербургтегі Әскери-медициналық академиясын бітіріп келген Санжар Жапарұлы Асфендияров тағайындалды.
1931 жылы институт штаты 5 профессор, 4 доцент, 13 ассистент және 2 оқытушыдан құралды. Профессорлар: С. Ж. Асфендияров (қоғамдық ғылымдар кафедрасының меңгерушісі), В. В. Авербург (гистология кафедрасының меңгерушісі), В. А. Захваткин (биология кафедрасының меңгерушісі), П. О. Исаев (морфология, кейіннен қалыпты анатомия кафедрасының меңгерушісі), Н. Н. Литвинова (химия кафедрасының меңгерушісі). 1936 жылы институтты 66 түлек бітіріп шықты.
Балалар дәрігерінің жетіспеушілігі 1938 жылы педиатрия факультетінің ашылуына себепші болды. Факультеттің алғашқы деканы және ұйымдастырушысы Саратов университетінің медицина факультетінің түлегі А. И. Малинин болды.
Ұлы Отан соғысы кезіндегі ауыр сынақтарды қаланып келген жас оқу орны лайықты өткерді. Соғыстың бірінші күрдерінде 84 оқытушы және 262 студент фронтқа аттандырылды. Соғыс жылдарында институтты 2000 дәрігер аяқтады, солардың ішінде 75% фронтқа аттандырылған. Институттың түлектері Мәншүк Жиенғалиқызы Мәметова және Владимир Семёнович Иванилов Отан алдында сөзсіз үлкен ерлік көрсетті (қайтыс болғаннан кейін Кеңес Одағының Батыры атағы берілді). Бұл кісілердің есімі медицина университетінің стденттері ретінде мәңгіге қалмақ.
Соғыс жылдары эпидемиялық қауіптің артуына байланысты 1943 жылы институттың үшінші факультеті – санитарлық-гигиеналық факультеті ашылды.
Кейін студенттер саны артып, сәйкесінше факультеттер саны да арта бастады, мәселен 1951 жылы фармация факультеті, ал 1959 жылы стоматология факультеті ашылды.
1981 жылы мамандарды дайындау ісіндегі және ғылымға қосқан үлестері үшін медициналық институт Еңбек Қызыл Ту орденімен марапатталды.
Қазақ КСР Министрлер Кеңесінің 11 қаңтар 1989 жылғы №17 Қаулысымен институтқа С. Ж. Асфендияров есімі берілді.
ҚР Президенті Нұрсұлтан Әбішұлы Назарбаевтің 5 шілде 2001 жылғы № 648 «Жекелеген мемлекеттік жоғары оқу орындарына ерекше мәртебе беру туралы» Жарлығымен институт Қазақ ұлттық медицина университеті статусына ие болды.
2004 жылы студенттерді «Менеджмент» мамандығы бойынша іштей және сырттай оқыту формасымен, ал 2007 жылдан «Медицина» мамандығы бойынша магистратура мен «Мебдике ісі» мамандығы бойынша бакалавриатқа қабылдау бастау алды.
С.Ж. Асфендияров атындағы ҚазҰМУ-да Қазақстанның белгілі ғалым-педагогтары, ҚР Ұлттық Ұлттық ғылым академиясының, Ресей медициналық ғылымдар академиясының, ҚР Профилактикалық медицина академиясының, Халықаралық акадамиялардың академиктері, еңбек сіңірген ғылым және білім қайраткерлері, еңбегі сіңген дәрігерлер мен фармацевтер қызмет етеді.
ҚазҰМУ алыс және жақын шетелдермен әріптестік келісім шарт орнатқан, солардың ішінде: Нагасаки Университеті (Нагасаки, Жапония), Азия-Тынық мұхиты университеті (Беппо,Жапония), Parkway College (Сингапур), Перуджи Университеті (Перуджа, Италия), Оңтүстік Дунай Университеті (Кремс, Аустрия); Қырғыз Мемлекеттік медицина Академиясы (Бішкек, Қырғыз Республикасы), А. Богомольц атындағы Ұлттық медицина университеті (Киев, Украина), Ұлттық фармация университеті (Харьков, Украина), И. Сеченов атындағы Мәскеу медициналық академиясы (Мәскеу, Ресей) және т.б. Сондай-ақ, университет қызметкерлері халықаралық бағдарламалар және гранттар бойынша ғылыми-зерттеу жұмыстарына белсенді түрде қатысады.